Cañizares nació en Sabadell en el año 1966, procede de una familia andaluza que, como otras tantas, emigró a Barcelona en la década de los 50. Su padre era un gran aficionado a la guitarra y la casualidad quiso que recibiese como premio en una verbena una guitarra. Cañizares padre no se lo pensó dos veces e inmediatamente se puso a estudiar guitarra flamenca. El profesor se percató del talento de sus hijos, Rafael y Juan Manuel y le propuso introducirles con más profundidad en el mundo de la guitarra.
Rafael y Juan Manuel aprenden muy rápido, hasta el punto de que con solo 10 años Juan Manuel entra en el Conservatorio Municipal de Sabadell para continuar sus estudios en Tarrasa y Barcelona. Juan Manuel consigue en 1982 el "Premio Nacional de Guitarra" en Jerez. La noticia fue muy comentada "había aparecido el guitarrista del futuro". En 1989 realizó una gira con el grupo "El último de la fila". Continua colaborando con otros músicos, siendo seleccionado por Peter Gabriel para una recopilación de su sello Real World. La lista de colaboraciones es extensa, Camarón, Morente, Serrat, Marc Almond (líder de "Soft Cell"), La Fura dels Baus, Michael Brecker, Al Di Meola, etc. Sin embargo, la experiencia más decisiva en la carrera de Cañizares, es su encuentro con Paco de Lucia. Junto a Paco y a José María Bandera forman un trío que realiza extensas giras entre 1989 y 1992. La gira culmina con la grabación de "Suite Iberia" de Isaac Albéniz, que aparece junto a la versión de Paco de Lucia del concierto de Aranjuez.
Desde entonces, la complicidad entre Paco y Juan Manuel no ha dejado de crecer. Esta riqueza está presente en cada uno de los trabajos de Cañizares, ya sea junto a Jorge Pardo, Carles Benavent y la Big Band de la WDR en el disco "Jazzpaña" (con arreglos de Arif Mardin y Vince Mendoza), o en sus composiciones para la banda sonora de la película "La Lola se va a los puertos".
Cañizares particpa en "Omega" de Enrique Morente, donde de nuevo demuestra su adaptabilidad a distintos estilos, además de su cada vez más particular y reconocible toque. Su primer disco como solista
es muy bien recibido por la crítica y le convierte en un referente del toque más moderno y coherente.